Aunque el lago de Chapala tuvo un buen temporal, el agua que almacena presenta contaminación por coliformes fecales, según la Red Nacional para la Medición de la Calidad de Agua de la Conagua.La dependencia federal informó, vía Transparencia, que cuenta con 35 estaciones de monitoreo en el cuerpo de agua donde se evalúan parámetros fisicoquímicos, bacteriológicos y metales pesados. Tras el análisis, sólo en nueve puntos cumplieron con todos los indicadores de calidad del agua superficial, en 10 presentaron contaminación por coliformes fecales y en 16 había demanda química de oxígeno.Los monitoreos se realizaron trimestralmente durante 2018 y 2019, pero en 2020, por la pandemia de COVID-19, sólo se realizó en una ocasión. Según el informe de la Conagua, se ha detectado una variación natural de la calidad del agua del lago y se confirma su uso para acuacultura y protección a la vida acuática.Los estudios refieren que, por las substancias que contiene el agua, no es recomendable el líquido para el consumo humano directamente y requiere someterse a procesos de potabilización como los que realiza el SIAPA.
