Desde que inició su conformación, el Sistema Anticorrupción del Estado (SAE) arrastra una docena de impugnaciones, amparos y controversias constitucionales, generados por las reformas legislativas y los nombramientos de la nueva estructura.Entre los recursos jurídicos está una acción de inconstitucionalidad presentada por la Procuraduría General de la República (PGR) ante la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) contra una reforma a la Ley Orgánica de la Fiscalía General, aprobada por el Congreso estatal, por cambios en el tema de extinción de dominio. El tema está pendiente de resolverse en la SCJN.Por los nombramientos, hay amparos en proceso como el promovido por el magistrado Armando García Estrada en contra de la elección de los integrantes de la Sala Superior del Tribunal de Justicia Administrativa (TJA). Este recurso sigue en trámite, pero no se emitió suspensión.Además, existen seis recursos relacionados con la designación de contralores internos. El presidente del Tribunal Electoral del Estado (Triejal), Rodrigo Moreno Trujillo, se inconformó por las reformas que facultaron al Congreso para nombrar al contralor interno del Triejal; el asunto sigue en litigio y Manuel Rodríguez, que fue designado por el Poder Legislativo, no ha tomado posesión del cargo. También el titular de la Comisión Estatal de Derechos Humanos, Alfonso Hernandez Barrón, presentó ante la SCJN una controversia constitucional en contra de que el Congreso le designe a su contralor interno. El asunto no ha sido desechado, pero Jesús Brizuela Villegas, electo para el puesto, sí asumió el cargo.En agosto del año pasado, antes de que concluyeran las reformas para crear el marco jurídico del SEA, la presidenta del Comité de Participación Ciudadana del Sistema Nacional Anticorrupción, Jacqueline Peschard Mariscal, presentó dos amparos por considerar que el Congreso de Jalisco legisló defectuosamente en el tema de fiscalización, presupuestación y por omisión de abrogar la Ley de Responsabilidades. La iniciativa presentada por el gobernador para la creación del SAE, en mayo de 2017 generó un amparo promovido por Francisco Javier Flores Rodríguez. En estos casos se negó la suspensión.A la lista se suma el amparo del abogado Gabriel Valencia, contra el nombramiento de fiscal anticorrupción. En este caso el quejoso se desistió del amparo, aunque se le había otorgado la suspensión definitiva.
