A finales de abril de 2009, una pandemia de influenza A/H1N1, en un principio denominado “gripe porcina” y que dejó mil muertes y 70 mil contagios en México, influyó en el desarrollo del futbol nacional, incluyendo una jornada completa con juegos a puerta cerrada y un conflicto con la Conmebol que derivó, indirectamente, en el subcampeonato de Chivas en la Copa Libertadores 2010.Mientras se reportaban los primeros casos, se suspendían clases, todas las actividades masivas, se pedía a la gente no salir a la calle, y todo mundo se echaba gel antibacterial en las manos, el futbol mexicano organizaba la Jornada 15 del Torneo Clausura 2009, la cual se jugó el 25 y 26 de abril. Pachuca y Toluca se disputaban el superliderato, y los tres equipos de Jalisco (Chivas, Atlas y Tecos), luchaban por meterse a la Liguilla. Sin embargo, en esas fechas solo se jugaron a puerta cerrada los partidos Pachuca vs Cruz Azul, con victoria tuza de 3-0; Pumas vs Chivas, con empate a uno (Javier Hernández marcó el gol rojiblanco); y América vs Tecos, que ganaron los visitantes 1-2, dirigidos por Miguel Herrera. La decisión se tomó porque, en ese entonces, el centro del país era el área más afectada. No obstante, el avance de la pandemia de influenza hizo que la Federación Mexicana de Futbol anunciara, el 28 de abril, que toda la Jornada 16 del Torneo Clausura 2009 se jugaría a puerta cerrada. Los aficionados mexicanos tuvieron que ver por televisión el gol de Javier Saavedra ante Cruz Azul que certificó la permanencia de Indios de Ciudad Juárez en Primera División, el empate a nada entre Chivas y Puebla en un desolado Estadio Jalisco que obligaba al Rebaño a depender de resultados ajenos para calificar a la Liguilla, y la victoria de Morelia 4-2 sobre el Atlas dirigido por segunda ocasión por Ricardo LaVolpe. Tecos venció 2-0 a Pumas en el Estadio 3 de marzo y aseguró su calificación. Todo indicaba que la Fecha 17 y última de ese campeonato también sería a puerta cerrada, pero finalmente sólo se jugaron sin público tres juegos, entre ellos el Atlas 0-5 Pachuca, que dejaba fuera de la Liguilla a los rojinegros. El público volvió a las canchas para ver descender al Necaxa, salvarse a los Tigres, y a las Chivas perder 3-1 en Ciudad Juárez para que Indios clasificara a la Liguilla eliminando de paso al América. En el proceso, Chivas y San Luis jugaban la Copa Libertadores 2009. El Rebaño calificó a Octavos de Final tras empatar a un gol en Chile contra el Everton de Viña del Mar, pero ese juego es recordado por un gesto de Héctor Reynoso, quien lanzó sus secreciones nasales al delantero chileno Sebastián Penco, quien había hecho mofa del brote de influenza en México. San Luis también clasificó al vencer 0-2 al Libertad de Paraguay, pero ninguno de los dos equipos llegaría a jugar los Octavos de Final. Se suponía que Chivas jugaría contra Sao Paulo, mientras que San Luis enfrentaría al Nacional de Montevideo, pero ninguno de los dos clubes quiso jugar en México por temor a un contagio de gripe. Conmebol propuso que se disputaran las eliminatorias a un solo partido en canchas del local, por lo que la Federación Mexicana de Futbol retiró a sus equipos del torneo el 8 de mayo. Todo esto provocó un conflicto entre la FMF y la Conmebol que éste último organismo compensó de la siguiente forma: reinstaló a Chivas y San Luis en la Libertadores 2010 desde la fase a la que se habían clasificado (Octavos de Final). Chivas aprovechó de gran forma esta situación y se metió hasta la Final, que perdió contra el Internacional de Porto Alegre por marcador global de 5-3.
