Atlas fue un club que se rigió desde sus inicios a nivel directivo mediante una Asamblea de Presidentes, la cual surgía de los propios socios y que hasta 2013 administró al equipo.Pero ¿por qué las anteriores directivas nunca pudieron hacer que el equipo consiguiera el título?, ¿dónde fallaron?, ¿por qué tuvo que llegar un nuevo dueño de fuera para que los Zorros lo consiguieran?Y no fue con el primer comprador. La incursión de Grupo Salinas como dueño del equipo provocó que las ilusiones crecieran ante una aparente nueva solvencia económica, sin embargo, en el manejo resultó ser más de lo mismo y con malos resultados.Fue hasta 2019 que Grupo Orlegi levantó la mano. El inicio no fue bueno. Atlas otra vez tuvo serios problemas de cociente, aunque la estabilidad y el proceso de transformación anunciado por la directiva se consolidó hasta lograr el título.Acabaron 70 años de ayuno, sin embargo, este éxito estuvo precedido de diversos fracasos y en la mayoría de ellos, gracias al manejo de las anteriores directivas rojinegras.Francisco Ibarra(1995-1999)Presidente en la anterior Final del equipo. En ese entonces, el Atlas tenía un estado financiero óptimo, de ahí que el proyecto con Ricardo Antonio La Volpe vivía un buen momento y era rico en cuanto a la generación de talentos, muchos de ellos protagonistas en esa época.Alberto de la Torre(1999-2003)Parte de la directiva de aquel equipo atlista que llegó a la Final, protagonista que le tocó darle continuidad al proyecto de La Volpe, pero necesitó vender jugadores, gracias a que la crisis financiera apareció con el aumento de salarios y deudas en el seno rojinegro.Ernesto Fregoso(2003-2007)Atlas ya comenzaba a tener serios problemas económicos, sin embargo, hubo resultados destacados sin llegar al anhelado título. Armó un equipo competitivo que comandó Sergio Bueno y que llegó a la Semifinal en 2004, aunque a eso le siguió el desmantelamiento del plantel.Fernando Acosta(2007-2009)Atlas seguía sin salir campeón, los problemas económicos eran cada vez más fuertes y la venta de jugadores era la principal estrategia para poder hacerse de recursos, así como la contratación de otros que no daban el ancho. Carlos Martín del Campo(2009-2013)La época más gris de los últimos tiempos en el Atlas en cuanto a nivel financiero, directivo, contratación de jugadores y deportivo. Pocas Liguillas disputadas, sueldos pagados a cuentagotas, protestas y casi un descenso.Eugenio Ruiz Orozco(2013-venta)Poco tiempo como presidente del Atlas. Trasciende por haber sido el directivo que vendió el equipo de futbol a Grupo Salinas en medio de la premura económica, ya que la franquicia estuvo cerca de la desafiliación por falta de pagos a los jugadores.Gustavo Guzmán(2014 - 2019)Primer y único presidente del Atlas con Grupo Salinas como dueño. Pocos resultados deportivos y una larga lista de malos refuerzos, así como la venta de destacados canteranos. Se peleó con la afición tras los bochornosos sucesos en la Liguilla del Clausura 2015 ante Chivas.José Riestra(2020-)Con él se terminó la sequía de Liguillas y apuntaló al plantel con la contratación de elementos clave, además de darle un voto de confianza a Diego Cocca y fortalecer a elementos surgidos de las Fuerzas Básicas.Durante el periodo de 22 años que comprendió de la última vez que Atlas llegó a una Final hasta ahora que fue campeón, pasaron varios presidentes. La mayoría de ellos de la Asociación Civil.Fue Fernando Acosta, del periodo comprendido de 2007 a 2009, quien explicó las razones por las cuales los Rojinegros no pudieron salir campeones.“Cuando fui presidente por segunda ocasión en 2007 yo creí conveniente y creo que no me equivoqué, que era tiempo para que entraran directivos más jóvenes y renovar la institución. Luego en 2009 llegaron Carlos Martín del Campo y Víctor Flores como vicepresidente y la renovación fue importante. No se logró el campeonato, ni después con Eugenio se logró, que incluso promovió la venta del equipo. No nos gustó a muchos, pero el manejo de un equipo de más de 100 años es complicado, quedó ahora en muy buenas manos y si me hubiera quedado yo otros dos años, sería más experimentado”.Sobre la gestión de Grupo Orlegi, Acosta Martínez alabó la labor de esta directiva.“Creo que quedó en manos profesionales, la prueba es esto, el título conseguido, trabajan muy organizados. Hemos tenido contacto, de repente hemos tenido comidas con ellos y son para felicitarlos, porque han manejado bastante bien al Atlas y ahí están los resultados. La verdad soy franco, no pensé que tan rápido fuera a hacer campeón al equipo, ahí demuestra la seriedad que le han puesto”.