El templo de 6.244 metros cuadrados, declarado Patrimonio Cultural de la Nación en 2004, está sometido a un proceso de restauración desde 2013 con un presupuesto de 7.4 millones de soles (2.3 millones de dólares), que terminará en julio de 2016, según la fuente oficial.Durante esos trabajos de puesta en valor, un grupo de especialistas de la Dirección de Cultura de Cuzco descubrió, al interior de la capilla Virgen de las Nieves, una cripta con osamentas humanas, y en la parte exterior, "32 esqueletos que pertenecerían a entierros cristianos", indicó el Ministerio.Los restos se encontraban en mal estado de conservación debido a las constantes profanaciones que se registraron en el lugar, agregó la fuente oficial.Además, en el proceso de desmontaje de lienzos pertenecientes al pintor Antonio Sinchi Roca en el muro del presbiterio, los arqueólogos descubrieron una importante pintura mural en advocación a la Virgen María, que constituye la primera decoración del templo, detalló la información.Asimismo, en los muros de la nave central, los especialistas encontraron una pintura mural decorativa compuesta por figuras geométricas y zoomorfas.Con estos hallazgos, los expertos de la Dirección de Cultura de Cuzco evalúan las mejores técnicas y opciones para que la cripta y la pintura mural sean puestas en valor e integradas al templo de estilo renacentista y considerado un monumento virreynal en esta región del sureste de Perú.
